La cogeneración es el procedimiento mediante el cual se obtiene simultáneamente energía eléctrica y energía térmica para su aplicación en los procesos productivos. La ventaja de la cogeneración es su mayor eficiencia energética ya que se aprovecha tanto el calor como la energía mecánica de una única fuente (vapor).
El Ingenio San Antonio ha iniciado un plan de eficiencia energética y generación de electricidad y vapor con el bagazo de la caña a partir de la zafra 1998/1999. Esto ha permitido dejar de utilizar en los últimos ocho años 8 millones de galones de fuel oil, que se usaban anteriormente para las actividades de producción. Actualmente este consumo está reducido a cero.

La mayor disponibilidad de bagazo se tiene entre noviembre y mayo, precisamente el período de lluvias escasas en Nicaragua y la de mayor demanda en el sistema eléctrico nacional.
El bagazo que sale como subproducto de la molienda de caña se remite a las calderas donde sirve como biomasa para combustión directa en calderas acuatubulares a fin de lograr la producción de vapor a alta presión.
La energía mecánica del vapor producido en las calderas es utilizada para mover las turbinas. El vapor agotado que sale de las turbinas todavía tiene suficiente energía térmica para ser aprovechado en el proceso de fabricación de azúcar. La energía eléctrica es producida por los generadores acoplados a las turbinas.

Parte de la energía producida es consumida en los requerimientos eléctricos de los procesos de fabricación de azúcar y alcohol. El sobrante es vendido a la red pública.
La empresa tiene una capacidad de producción de 60 MW/H de energía eléctrica, de los cuales se venden 27 MW/H a la red nacional. Esto representa aproximadamente el 7% del total de la energía consumida a nivel nacional. Durante los meses de zafra, que se extiende de noviembre a abril, se producen 55 MW/H con la biomasa generada por el proceso de fabricación (bagazo). En los meses de no zafra, de mayo a julio, se producen 17 MW/H de energía a partir de bosques de eucalipto. A la fecha se han reforestado más de 3,000 hectáreas.
La Cogeneración tiene implícitos beneficios tanto a nivel del país como del sector industrial. Desde el punto de vista país, se refleja en un ahorro de divisas al sustituir importaciones de petróleo, así como ahorro de biomasa al hacer un uso más eficiente de los energéticos.
Los beneficios en el sector industrial son la reducción de la facturación energética en los costos de producción y como consecuencia aumenta la competitividad de la empresa; así como la autosuficiencia, continuidad y calidad del suministro de energía eléctrica, con lo que obtiene confiabilidad en su proceso. La producción de esta energía renovable tiene los siguientes impactos positivos sobre el ambiente: